2003年初，荷兰人阿里.哈恩来到中国，担任国家队的主教练。这是中国队在阿里.哈恩到来后打的第一场正式比赛，对手是韩日世界杯冠军巴西队。这场比赛巴西队并没有拼尽全力，最终的比分被定格为0：0。于根伟在下半场还剩5分钟左右的时间替补出场，在这有限的几分钟里，他依然展现出了自己过人的能力，一人连过四名巴西后卫突入禁区后，将球传出，而在另一点接应的杨晨显然没有意识到于根伟能在多名后卫的包夹下还能将球传出，没有控制住此球。
2003年的甲A联赛是末代甲A，04年中超联赛将取代甲A联赛。而各支球队也都开始为争取中超席位而全力”拼杀“。天津队的胸前广告赞助商变成了康师傅，球队也被一起冠名为天津康师傅队。没有了国家队比赛任务的于根伟这一年又开始全力为天津队拼杀。
这是天津康师傅队主场迎战辽宁波导队，我记得当时打成了3：3平（天津队两度领先两度被扳平，而且被辽宁队反超，在补时阶段依靠外援哓哓的直接任意球将比分顽强扳平），于根伟打进了康师傅队的第二粒入球。
这个赛季于根伟并没有太显眼的表现，唯一给我留下记忆的就是头裹绷带带伤上阵的几轮比赛。主场迎战北京现代，于根伟下半场在一次拼抢中被撞的头破血留，但他并没有就此离开赛场，而是简单在场下经过简单的包扎，再一次回到球场，并在最后阶段接孙建军妙传打进扳平比分的一球，使天津队在主场艰难地逼平了北京队
2003年唯一的遗憾是意大利籍主教练马特拉齐的黯然离开，这位善于挖掘新人的意大利老人为天津队挖掘出了像曹阳，张烁，卢彦等多名年轻队员，使这些队员在这一年的联赛中得到了充分的锻炼。而也许是他的中场平行战位思想，或多或少地限制了于根伟在本赛季的发挥。
联赛最后一轮主场迎战山东鲁能，又是于根伟打进了天津队的唯一一粒入球，这也是康师傅队和他本人在04赛季的最后一粒入球。这场比赛的最终比分为1：1，天津队最终也依靠这场平局幸运地取得了职业联赛的最好成绩第六名，打破了99赛季金志扬指导带领天津队创造的第七名最好战绩。
04年联赛天津队主场迎战大连队时，米卢来到了泰达大球场，陪同他一起坐在包厢里看球的还有大连队未出场比赛的国脚郝海东。赛后米卢首先来到大连队的休息室，这里有更多他所熟悉的队员。而在这之后，米卢又来到了天津队的休息室，在这里他想见的只有一个人，那就是于根伟---2001年国家队的金球射手。这时候距离01年已经过去了3年多的时间，但这两位昔日国家队的师徒站在一起使人又想起了01年的十强赛，唯一不同的是此时的米卢已经是一名自由职业者，而于根伟身上穿的是天津康师傅队的卡帕套服。
也许就是由于于根伟在联赛的出色表现，使得已经破釜沉舟的国足主帅阿里.哈恩再一次想起了这名能突能射、充满灵性的技术性前锋。在2006年德国世界杯足球赛亚洲区预选赛中国国家队客场0：1兵败科威特后，最后一轮不得不大比分取胜中国香港队的情况下，于根伟再次入选了国家队，这一次，他又将肩负起中国队冲击世界杯的重任！这一次他能否帮助中国队再次杀入世界杯呢？
这也是于根伟职业生涯最后一次穿上国家队的训练服，因为在这场比赛后，他再也没有入选国家队。
尽管在国家队训练比赛中发挥出色，且被媒体给我高度赞赏，但于根伟依然没有出现在与香港队比赛的首发阵容中
与香港队的比赛进行到下半场，于根伟替补主力前锋郝海东出场。这一次他没有穿上01年属于他的11号战袍，而是穿上了象征着主力的10号球衣。这也是他最后一次穿上国家队队服。